Pro třetí generaci modelu Octavia budou k dispozici čtyři benzinové motory TSI a čtyři naftové agregáty TDI s vysokotlakým vstřikováním Common Rail. Hodnoty spotřeby a emisí těchto nově vyvinutých motorů jsou až o 23 % nižší než u doposud používaných jednotek. Paleta motorů pro novou generaci modelu Octavia zahrnuje jednotky pokrývající výkonové rozpětí od 63 kW (1,2 TSI) do 132 kW (1,8 TSI). V jejich výčtu nechybí motor 1,6 TDI o výkonu 81 kW určený výhradně pro ekologickou verzi Octavia GreenLine. Ta s ním dosahuje spotřeby pouhých 3,4 l/100 km, což odpovídá emisím CO2 jen 89 g/km. S výjimkou základních motorizací jsou všechny agregáty pro země EU vybaveny systémem Start-Stop a rekuperací brzdné energie (modely Green tec/GreenLine). Přenos výkonu zajišťují ve všech případech moderní manuální převodovky, nebo dvouspojková ústrojí DSG. V budoucnu se nabídka motorizací rozšíří také o variantu na zemní plyn a agregát pro sportovní verzi Octavia RS.
Základní benzinovou motorizací je 1,2 TSI o výkonu 63 kW (86 koní). Motor dosahuje kombinované spotřeby 5,2 l/100 km, emise CO2 činí 119 g/km. Díky přeplňování je dosaženo maximálního točivého momentu 160 Nm v rozsahu 1 400 až 3 500 min-1. Základní motor je kombinován s manuální pětistupňovou převodovkou.
Silnější varianta 1,2 TSI Green tec dosahuje výkonu 77 kW (105 koní) a – jak napovídá její název – disponuje úsporným paketem se systémem Start-Stop a rekuperací brzdné energie. Je proto ještě hospodárnější než základní verze: kombinovaná spotřeba činí 4,9 l/100 km a emise CO2 114 g/km. Maximálního točivého momentu 175 Nm dosahuje motor v rozsahu 1 400 až 4 000 min-1. Alternativou k manuální šestistupňové převodovce je automatická sedmistupňová převodovka DSG.
Také motor 1,4 TSI Green tec o výkonu 103 kW (140 koní) je možno kombinovat s manuální šestistupňovou převodovkou, nebo sedmistupňovým dvouspojkovým ústrojím DSG. Spotřeba motoru 1,4 TSI v kombinaci s manuální převodovkou a systémem Start-Stop činí 5,3 l/100 km a emise CO2 121 g/km. Maximálního točivého momentu 250 Nm dosahuje motor mezi 1 500 a 3 500 min-1.
Špičkovou benzinovou motorizací pro novinku je agregát 1,8 TSI Green tec o výkonu 132 kW (180 koní). Maximální točivý moment 250 Nm může řidič využít v pásmu mezi 1 250 a 5 000 min-1. V kombinaci se sedmistupňovou dvouspojkovou převodovkou DSG má motor kombinovanou spotřebu 5,7 l/100 km a na 1 kilometr jízdy vyprodukuje 131 g CO2.